КНИИГиМС основан в конце 1957 года на базе лаборатории геологии цветных и лёгких металлов Горно-геологического института Западно-Сибирского филиала АН СССР.

В 1958 году она переведена в Красноярскую комплексную лабораторию Института геологии и геофизики СО АН СССР, а в сентябре 1964 года - в Красноярское отделение Сибирского научно-исследовательского института геологии, геофизики и минерального сырья (СНИИГГиМС).

В 1993 году Красноярский филиал СНИИГГиМС преобразован в Красноярский научно-исследовательский институт геологии и минерального сырья с функциями научно-аналитического центра администрации Красноярского края по проблемам развития и освоения природно-ресурсного потенциала региона.